La compatibilidad HLA es, por decirlo de una manera sencilla, la compatibilidad que existe entre donante y receptor en un trasplante de células.

¿En qué consiste la compatibilidad del sistema HLA?

El sistema HLA (acrónimo procedente del inglés, Human leukocyte antigen, es decir "Antígenos Leucocitarios Humanos") del cuerpo humano es aquel que se encarga de diferenciar lo que pertenece al propio cuerpo de lo que no pertenece (ajeno) y asegurar una respuesta inmune para combatirlo. Es decir, es el sistema que defiende al organismo de algunos agentes extraños que generan infecciones.

Por eso, conseguir una compatibilidad entre el paciente y el donante de las células madre es tan importante. Si no se logra tener una buena compatibilidad HLA entre ambos, el sistema HLA del paciente rechazará el trasplante, al considerar las células madre trasplantadas como una "invasión", algo ajeno que está atacando al orgnaismo. Es lo que se conoce como Enfermedad Injerto contra Huésped.

Por el contrario, cuanto más parecidos sean donante y receptor menor será la probabilidad de que rechace el trasplante.

Hasta ahora, para poder realizar un trasplante de médula ósea se necesitaba tener una compatibilidad HLA del 100% entre donante y receptor. Sin embargo, en el caso del trasplante de sangre de cordón umbilical la compatibilidad solamente necesita ser del 66%. Esta es la gran ventaja de la sangre del cordón umbilical respecto a otros trasplantes.